Seu CNPJ pode estar habilitado para emitir manualmente pelo site mas para começar a emitir automaticamente (via integração / em lote) é necessário ativar uma opção no seu cadastro na prefeitura.

Após autenticar no site da prefeitura siga o passo a passo abaixo.

1 - Acesse a Configuração de sua Empresa

2 - Em Credenciamento altere o Regime para Lote

3 - Grave as alterações

Importante

Pode ser que em alguns casos não seja possível alterar a opção pelo site da prefeitura.

Se este é o seu caso, você precisa fazer contato diretamente com a prefeitura e solicitar a alteração para emitir em lote (via integração).