Seu CNPJ pode estar habilitado para emitir manualmente pelo site mas para começar a emitir automaticamente (via integração / em lote) é necessário ativar uma opção no seu cadastro na prefeitura.

Após autenticar no site da prefeitura siga o passo a passo abaixo.

1 - Acesse a Configuração de sua Empresa

2 - Em Credenciamento altere o Regime para Lote

3 - Grave as alterações